सुरुवातीस १९४७ च्या अखेरीपर्यंत ओरिसा आणि छत्तीसगढातील संस्थाने अनुक्रमे शेजारच्या ओरिसा आणि मध्य प्रांतात विलीन झाली. लहान संस्थाने समूह करून त्यांना ‘ब’ किंवा ‘क’ राज्यांचा दर्जा देण्यात आला (उदा., विंध्य प्रदेश, सौराष्ट्र, मध्य भारत, पेप्सू म्हणजे पतियाळा व पूर्व पंजाब संस्थानांचा संघ, त्रावणकोर-कोचीन, हिमाचल प्रदेश). महाराष्ट्र-गुजरातमधील कोल्हापूर-बडोद्यासह सर्व संस्थाने तेव्हाच्या मुंबई राज्यात विलीन झाली. राजपुतान्यातील संस्थानांचे प्रथम मत्स्यसंघ, बृहत् राजस्थानसंघ वगैरै चार समूह निर्माण करून सर्व समूहांचे राजस्थान राज्यात विलीनीकरण करण्यात आले. सिरोही संस्थानाचा काही भाग मुंबई राज्यात तर उरलेला राजस्थानात विलीन झाला. भोपाळ व म्हैसूरला ‘ब’राज्याचा दर्जा देण्यात आला. हे सर्व विलीनीकरण महत्त्वाच्या संस्थानिकांना राजप्रमुख, उपराजप्रमुख अशी पदे देऊन आणि राजधान्यांच्या बाबतीत तडजोड करून साधण्यात आले. एक नोव्हेंबर १९५६ रोजी राज्यपुनर्रचना समितीच्या शिफारशीनुसार राज्यांचा वेगवेगळा दर्जा जाऊन सर्व संस्थाने भाषिक तत्त्वावर निर्माण झालेल्या शेजारच्या नव्या राज्यात पूर्णपणे विलीन झाली तथापि भूतपूर्व संस्थानांच्या सरहद्दी ठरवणे, तेथील प्रशासन स्वतंत्र भारताच्या प्रशासनाच्या स्तरावर आणणे, सरकारी सेवकांचा दर्जा व तदनुंषगिक अनेक प्रश्न सोडवायला एक तपाहून अधिक काळ लागला. हे प्रश्न ज्या त्या राज्यांनी स्वतंत्रपणे सोडवले कारण केंद्रीय संस्थानी खाते १९५५ मध्येच विसर्जित झाले.

इंदिरा गांधींच्या शासनाने १९६९ मध्ये कायद्याने संस्थानिकांचे तनखे आणि उरलेसुरले खास हक्क रद्द करून संस्थानिकांना स्वतंत्र भारताचे सामान्य नागरिक बनवले. त्याविरूद्ध ध्रांगध्राच्या भूतपूर्व महाराजांनी काँकर्डन्स ऑफ प्रिन्सेस ही संघटना उभारली पण त्याचा काही उपयोग झाला नाही. संस्थाने स्वतंत्र भारतात विलीन झालीच होती. संस्थानिक ही संस्थसुद्धा अशा रीतीने संपुष्टात आली.

एकरूपतेला प्रारंभ ३ जून १९४७ रोजी व्हाइसरॉय लॉर्ड लूई माउंटबॅटनने भारत-पाकिस्तान यांच्यावर सत्ता सोपवून इंग्रझ भारत सोडणार, हे जाहीर केले तेव्हापासूनच झाला. सार्वभौम ब्रिटिश सत्ता सोडून गेल्यानंतर संस्थानिकांची स्थिती ‘जैसे थे’ म्हणजे हवे तर स्वतंत्र किंवा भारत वा पाकिस्तान यात सामील व्हावे, अशी होणार होती. नरेंद्रमंडळ याबाबत कोणताच निर्णय घेऊ शकले नव्हते पण अध्यक्ष भोपालचा नवाब व अन्य काही संस्थानिक स्वतंत्रपणाची स्वप्ने पाहू लागले. त्रावणकोरचे दिवाण सर सी. पी. रामास्वामी अय्यरांनी तर जून १९४७ मध्येच स्वातंत्र्याची घोषणा केली. बलुचिस्तान (कलात, लास बेला), वायव्य सरहद्द प्रांत (आंब, चित्रळ, डीर, फुलोरा, स्वात), पश्चिम पंजाब (बहावलपूर), सिंध (खैरपूर) या पाकिस्तानच्या भौगोलिक क्षेत्रातील संस्थाने त्या राज्यात सामील होणार हे उघड होते. भारताच्या दृष्टीने पूर्व सीमेवरील त्रिपुरा-कुचबिहार पश्चिम वायव्य सीमेवरील जोधपूर, बिकानेर, जैसलमीर उत्तर सीमेवरील जम्मू-काश्मीर ही पाकिस्तानला लगटून असलेली संस्थाने काय करणार, हा महत्त्वाचा नाजूक प्रश्न होता. संस्थानांचा एकूणच प्रश्न सोडविण्यासाठी मध्यवर्ती सरकारचे गृहमंत्री सरदार ⇨वल्ल्भभाई पटेल यांच्या हाताखाली संस्थानी खाते निर्माण झाले (५ जुलै १९४७). पटेलांनी धोरण स्पष्ट केले, की सीमेवरील आणि भारताच्या भौगोलिक क्षेत्रांतील संस्थानांचे भारताशी सामीलीकरण संरक्षण, दळणवळण आणि परराष्ट्रसंबंध एवढ्यापुरते हवे आहे. व्हाइसरॉयने नरेंद्रमंडळाकडून सामीलीकरणाच्या अटीसाठी समिती नेमली (२५ जुलै १९४७). सरदार पटेलांनी हा प्रश्न अत्यंत कौशल्याने पण दृढतेने हाताळला. त्यामुळे १५ ऑगस्ट १९४७ पर्यंत त्रावणकोरसह काही अपवाद वगळता, भारतातील बहुतेक संस्थानिकांनी सामीलीकरणाच्या करारनाम्यावर सह्या केल्या. संस्थानिकांचे तनखे, खास हक्क इ. सुरक्षित ठेवून सरदारांनी सह्या मिळविल्या. जम्मू-काश्मीरने सही उशिरा केली पण त्यामुळे वायव्य सरहद्दीकडून पाकिस्तानच्या चिथावणीमुळे घूसखोरांचा हल्ला होऊन भारताला सैन्य पाठवावे लागले. विद्यमान भारताच्या आधिपत्यात असलेला जम्मू-काश्मीरचा भाग संविधानाच्या ३७० अनुच्छेदान्वये खास तरतूद होऊन भारतात सामील झाला आहे [⟶ काश्मीरसमस्या]. जुनागढने पाकिस्तानात सामील झाल्याचे घोषित केले, तर हैदराबादने सामीलीकरण लांबणीवर टाकले. सैनिकी आणि पोलिसी कारवाई आणि लोकांची चळवळ यांमुळे भारतांतर्गत संस्थानांनाही दोन वर्षांच्या आतच भारतात सामील व्हावे लागले. ६१ संस्थानांचे रूपांतर केंद्रशासित प्रदेशात करण्यात आले, तर २७५ संस्थानांचे एकत्रीकरण करून त्यांची पुढे पाच राज्ये (मध्य भारत, पूर्व पंजाब, राजस्थान, गुजरात व केरळ) करण्यात आली.