तो तैमूर (त्याच्या वडिलांच्या बाजूने) आणि चंगेज खान (त्याच्या आईच्या बाजूने) यांचा वंशज होता. त्यांचे मूळ नाव जहिरुद्दीन मुहम्मद होते. 1494 मध्ये वयाच्या 11 व्या वर्षी, बाबर फरघानाचा शासक बनला (सध्या चिनी तुर्कस्तानमध्ये) उमर शेख मिर्झा, त्याचे वडील.