अहमदनगर सल्तनतचे मलिक अंबर याच्यानंतर त्याचा मुलगा फतेह खान यांनी नाव बदलून फतेहनगर केले. १६३६ मध्ये औरंगजेब, जो त्यावेळी दख्खन प्रांताचा मोगल वाइसरॉय होता, त्यांनी या शहराला मोगल साम्राज्यात जोडले. १६५३ मध्ये औरंगजेबाने शहराचे नाव बदलून "औरंगाबाद" केले आणि त्यास मुगल साम्राज्याच्या दख्खन प्रदेशाची राजधानी बनविली.